情重大，一旦坐实就不是三个人头落地的事，怕有出入再次派人查实。吏科给事中耿随龙曾上奏说“丹阳县民赵州平等恶少酒狂，初非倡乱不得误入”，但不知道什么原因奏疏被压了下来。巡抚朱弘谟担心自己官帽不保便抢先定调判决，判秦灯斩、王士骕入监、乔一琦充军南汇所。人犯被押赴刑场，大声喊冤不止，袁可立觉得疑点重重，不顾巡抚阻扰，请以乌纱前程作保暂缓处决。

后经袁可立多方查证，发现他们的招供状全是子虚乌有错讹百出，最终洗清了冤屈。而所谓的称‘朕’，不过是王的一个家丁好说书，给大家说讲赵官家陈桥兵变黄袍加身的段子引得哄堂大笑，秦灯口无遮拦学说对答即兴称“朕”，秦、王先后死于狱中。当乔一琦从死牢被解救提出时，天空无云而雷，吴中传为“雷鸣案”。最终活下来的乔一琦从军报囯，在明金萨尔浒战役中身陷重围，壮烈殉国，从死者四十二人，祀忠义祠。

袁可立治行报到吏部尚书孙丕扬那里，以政绩第一拟擢升给事中，受到万历帝特别召见，“内召当锝谏省”时有吏科都给事中林材者巡苏州，官员们都畏惧他，行跪拜大礼，独袁可立按法定礼节“长揖不拜”，林材就此怀恨，挟私报复阻遏，当地驻军为袁可立鸣不平汹汹不已，袁可立作长揖平息事端，从容赴任山西道监察御史。

奉命巡视京都西城，有皇帝宠幸的弄臣仗势杀人，百官不敢问，可立重捶抵罪，将罪行张榜于五都衢，“重棰问抵”。这时便有人持重金至袁可立门上，可立勃然大怒道：“杀人者死，朝廷法也，即弄臣顾可脱乎？吾知有三尺，不知弄臣”。”遂将说者逐出门外，众阉恨之切齿。然而，皇帝绕过内阁直接下中旨豁免弄臣，袁可立不给皇帝留面子，毅然抗旨将弄臣正法，京师称“真御史”。自袁可立巡城，无论皇亲国戚或朝中大臣，凡贪纵不法，袁可立皆一并弹劾论处，万民高呼“袁青天”

御史袁可立请录谪臣，上疏针砭时弊：“近年以来，议论兹多，致干圣怒，摈斥不下百十余人。岂言事诸臣尽不可用耶？如使诸臣为济私，孰与缄口持禄，附会保全之为便？使诸臣为市恩，孰与将顺曲从，得君固宠之为愈？使诸臣为沽忠卖直，亦必其人有怀忠慕直之心，耻为依回淟涊之态者。如概弃不用，臣恐謇谔之士不蒙甄录，相率噤口结舌，国家大事谁复为皇上言之！”疏上，夺俸一年。

雷震景德门，时皇帝宠信后宫，弄权误国，朝纲废弛，袁可立再次上疏：“礼祀不亲，朝讲未视，章奏不以时批答，废弃不皆录用，传造日增，赏罚日滥，非所以尽修省之实。”又尖锐指出时局之艰危：“西虏跳梁，播酋负固东海，倭患未熄，中原灾害频仍”，并直接把矛头指向万历帝：“郊视不亲，朝讲久废。章奏之批答不时，宫府之赏罚互异，叙迁有转石之艰，征敛有竭泽之怨。是非倒置，贤奸混淆。使忠者含冤，直者抱愤，岂应天之实乎？”疏上，触帝怒，继忤次辅沈一贯，降三级调外任用，因吏部疏捄，奉降杂职边方用，因辅臣疏捄，奉旨革职为民，将袁可立削职为民，沉冤达二十六年之久，史称“震门之冤”。

朝中大臣为袁可立鸣冤者十数年不绝，二十六年间，三次即家征召“御史”，并不赴，终万历一朝不复出。罢官期间，袁可立与文友结联诗社，教化地方，礼贤父老，调停事务，代民请减赋税徭役，与同里大司农李汝华丈量厘清睢州田赋。力请大修睢郡城池，自此新旧两城屹立如金汤，贼不敢窥。睢阳卫战败而亡，其子袁枢赖此城破家募勇御顽敌，完保睢城一郡生灵。“新旧二城，大司马创修之，小司农保全之，袁氏世德其忍谖乎！’”

福王朱常洵就藩洛阳，睢泒夫至五百四十名，外加协济三百名。公曰：‘民力竭矣’。即白之卫辉何守。寻得减免，人人感恱。袁可立罢官后从不出入公府，这次亲自出面去卫辉府