与钱谦益有涉的钱千秋科举舞弊案，崇祯帝召见百官询问此事时，温体仁、周延儒都称崇祯帝被钱谦益的同党蒙蔽。崇祯帝本来也希望周延儒能入阁，看到名单没有周延儒就很怀疑，于是就相信温体仁、周延儒所散布的钱谦益结党的说法，将钱谦益逐出朝廷。从此，周延儒与东林党反目成仇。

崇祯帝在文华殿单独召见周延儒，从午后一直谈到深夜。此次召对与往常截然不同，翰林院记注官也不得在旁记录，所以君臣之间到底说了些什么，人们不得而知。不过敏感的言官还是揣测到了一点眉目：崇祯帝因钱谦益案件而暂停会推阁员，此番单独召见周延儒，显然有意让他入阁辅政。于是，言官们纷纷上疏抨击周延儒，试图阻遏这种可能性转化为现实。南京兵科给事中钱允鲸等人向崇祯帝揭发周延儒一向与“阉党”逆案中人冯铨狼狈为奸，目的有两个，一是“以图大拜”，即进入内阁；二是“以图翻局”，即推翻逆案。周延儒立即上疏为自己辩解，称言官所说都是莫须有之事。崇祯帝迫切需要一个能总理朝政的大臣，他很看重周延儒的政治才干，因此态度明显偏袒，对于钱允鲸等人的奏疏只是“报闻”而已，而对于周延儒的答辩奏疏却“优诏答之”，意在给言官们泼冷水，让他们不要在这个问题上说三道四。言官们并不气馁，御史刘之凤等人在几天之内联名上疏，对崇祯帝单独召见周延儒一事表示异议。崇祯帝只是淡然批复“不得渎奏”四字，只字未提召对之事。

到了十二月，人们对此事逐渐淡忘，崇祯帝趁内阁次辅钱龙锡引疾致仕之机，命周延儒以礼部尚书兼东阁大学士，入阁参预机务。崇祯帝又给周延儒及与他同时入阁的何如宠、钱象坤加太子太保衔，改为文渊阁大学士。周延儒为了扩大自己的势力，极力向崇祯帝推荐自己的姻亲吴宗达以及同僚温体仁入阁。崇祯帝也以为温体仁“孤忠可任”，命温体仁与吴宗达以原官兼东阁大学士，入阁办事。周、温两人联手把持朝政，在幕后主使迫害钱龙锡、打击东林党；又指使锦衣卫官员张道濬等攻击内阁首辅成基命，迫使成基命辞官而去。周延儒就成为内阁首辅，崇祯帝还加他少保衔，进武英殿大学士，加少傅兼太子太傅，改吏部尚书，进建极殿大学士。

温体仁对周延儒表面奉承，暗地谋夺其首辅之位，吏部尚书王永光罢官后，温体仁起用他的同乡亲信闵洪学取而代之，掌控人事权，又起用御史史??、高捷及侍郎唐世济、副都御史张捷等为心腹，处心积虑欲攻倒周延儒。于是，温体仁与周延儒的矛盾逐步激化，他们互相倾轧的第一回合，是围绕春的会试而展开的。周延儒的姻亲陈于泰会试廷对第一，他的老友吴禹玉之子吴伟业则考中会元，同时中试的有名士张溥、夏日瑚等。

这次会试的主试官就是周延儒，按照惯例，内阁首辅因为政务繁重，主试之事应由次辅担任，周延儒以首辅出任主试官的越例行为，使次辅温体仁抓住了一个可以大做文章的把柄。这次会试，周延儒之所以亲自出马，是想收罗名儒作为自己的门生，以扩大自己在朝廷的权力基础，所以秘密嘱咐各分房考官在呈卷前偷看中试封号，从中舞弊。吴伟业的本房师李明睿仰承周延儒之意，把吴伟业的卷子作为第一名，做了些手脚，终于使吴伟业高中会元。这一舞弊行为被温体仁的亲信薛国观故意泄漏于朝廷，御史袁鲸正准备具疏参论，周延儒抢先一步，把吴伟业的卷子送给崇祯帝御览，崇祯帝阅后很满意，批了八个字“正大博雅，足式诡靡”，既然崇祯帝已经表态，御笔钦点吴伟业为会元，人们就不好再说三道四了。

当时，周延儒所提拔的大同巡抚张廷拱、登莱巡抚孙元化等，都被外界认为是向周延儒行贿得官，引起舆论不满。他的子弟家人横行乡里，激起民愤，受到言官的纠弹，他的兄长周素儒冒籍锦衣卫，搞到个千户的职位，他的家人周文郁成