以悌为安西大都护，征召郭元振入朝，并册封阿史那献为西突厥十姓可汗，派军进驻焉耆，讨伐娑葛。娑葛写信给郭元振道：“我与汉人本来没有矛盾，只是与阙啜忠节有仇。但是宗尚书接受阙啜忠节的贿赂，毫无道理地想发兵攻破我的部落，并且冯中丞和牛都护相继率军而来，我又岂能坐以待毙！我听说阿史那献也将来到此地，他的到来只会使安西四镇冲突增多，恐怕今后难以有安宁的日子好过。请您看着怎么解决吧。”

郭元振便将娑葛的信呈给唐中宗，宗楚客大怒，奏称郭元振有不臣之心，征他入朝，准备治罪，郭元振派儿子郭鸿走小路将实际情况向唐中宗一一奏明，请求留在西域稳定局势，不敢返回朝中。不久，周以悌被流放白州，唐中宗再次任命郭元振为安西大都护，下诏赦免娑葛的罪行，并册立为十四姓可汗。

宗楚客等人在政变中被杀，唐睿宗继位，郭元振被征拜为太仆卿，加银青光禄大夫。郭元振离任时，安西各部落的酋长有的甚至划破脸面、痛哭相送，刚刚行到玉门关，离凉州还有八百里时，凉州百姓就已经准备好壶浆欢迎。郭元振被任命为同中书门下三品，接替宋璟出任吏部尚书。不久，郭元振又改任兵部尚书，封馆陶县男。

唐睿宗退位，唐玄宗继位，郭元振出任朔方军大总管，修筑丰安、定远城，使戍守军队得以有屯驻之所，以兵部尚书之职再次担任同中书门下三品。唐玄宗诛杀太平公主，郭元振亲自率兵“保护”太上皇唐睿宗，在中书省宿卫十四夜，因功进封代国公，不久加官御史大夫、天下行军大元帅。后来，郭元振出朝任职朔方军大总管，防备突厥。

唐玄宗在骊山举行军演，并亲自擂鼓，郭元振突然出班奏事，打乱了军演，唐玄宗见军容不整，非常生气，命人将郭元振立即斩首。刘幽求、张说劝谏道：“郭元振立过大功，即便犯了重罪，也应当予以宽恕。”唐玄宗便赦免了郭元振的死罪，将他流放到新州。不久后，唐玄宗念及郭元振昔日功劳，在受尊号时专门特赦郭元振，起复他为饶州司马。郭元振遭此挫折，心情抑郁，在赴任途中病逝，终年五十八岁，朝廷追赠郭元振为太子少保。

史事讲将2隋唐五代三月天