他的官职。近年来宦官四出，海内沸腾。李盛春的去职因为王虎，魏允贞因为孙朝，前任漕臣李志也是因为矿税的事去职。其他官吏离开岗位的，不可胜数，现在李三才又接着要被去职。淮上军民因为李三才被罢官，想找陈增算帐，陈增闭门不出。李三才不当离职可想而知。”万历帝对他们上疏仍不予理睬，李三才于是离开徐州，接连上疏请求找人替代他，但未得到命令。正好侍郎谢杰代替赵世卿为督储，再次请求让李三才留下，万历帝于是命令李三才继续任职以等待接替的人，最终也没有派遣人接替李三才。

李三才又上疏说：“近来雷电击中了皇陵，大风拔起了树木，洪水滔天，天变到了极点。反贼赵古元刚在徐州被处以磔刑，赵大荣在亳州被枭首，而睢州的大盗又出现了，人心的离散到了极点，陛下每当有征求时，必定说：‘内府已很匮乏。’如果内府果然匮乏，那是国家的福气。所谓皇帝瘦弱而天下肥，实际上不是这样。陛下所谓的匮乏，是黄金没有遍地，珠宝玉石没有堆到像天那么高。小民饭都吃不饱，又来搜刮，鞭打没有止尽，道路上全是囚犯，官吏唯有请求罢官，老百姓唯有一死，陛下难道还不引起警惕吗！陛下不要说臣危言耸听、言过其实，真的到了这一步，哪有陛下安身的地方呢！”万历帝不予理睬，不久睢州的盗匪被擒获，李三才因此上奏施行的几件事，境内安宁。

歙县人程守训是陈增的随从，以纳捐获得中书官职，程守训为人骄横跋扈，仪仗铺张，他允许人互相告密，拷问嫌犯时，连妇女、儿童也不曾放过。程守训惧怕李三才，不敢到淮上，李三才弹劾整治他，得知其赃物足有数十万之多。陈增害怕连累到自己，也对他展开了搜查，搜到了奇珍异宝和盗用的龙文、服饰、器物等物品。程守训和他的帮凶因此被逮捕，受到制裁，人人拍手称快。

皇孙出生，万历帝下诏合并矿税，释放囚犯，起用被解职的官员，增补御史，不久却改为不全部实行。李三才怀疑首辅沈一贯从中作梗，便上疏暗中诋毁沈一贯。接着，他又说：“恩诏已颁布，立刻又中途停止，在路上人们说前几天的新政不过是陛下一时心喜，所以旋开旋闭。”又说：“沈一贯担心沈鲤、朱赓威逼自己。又害怕他们有所争执，暴露了自己的短处，害怕事情不由自己去做，就想从中使坏。他行贿左右的人，多方煽动，致使新政遇到阻力。”万历帝看到奏疏后十分愤怒，下诏严厉责问李三才，并罚俸五个月。

矿税使暨禄去世，李三才因而请求下诏将天下的税使全部撤离，皇帝不听，命令鲁保兼任暨禄的职务。前吏部文选司郎中顾宪成住在无锡，在东林书院讲学，喜欢品评人物。李三才与他有深交，顾宪成也极信任他。李三才曾经请求朝廷增补大官职，选拔科道，录用被贬的官员。因而说：“各大臣只因为言论触及到了掌权的人，便永不叙用，他们并没有违背陛下。现在有些人假借皇上的威风禁锢大臣，又借他们违抗陛下的名义替自己的罪过掩饰。有负国家有负君王，没有比这个罪更大的了。”此举意在为顾宪成等正直朝臣鸣不平，又极力陈明朝政的败坏，请求皇帝奋发有为，与天下一起有所变化。而且极力说明辽东一带危急，必定难以永保安全。皇帝都将其置于一边不加理会。

李三才有雄才大略，在淮上一带任职时间较长，因力主抑止税监而深得民心，待淮、徐一带发生灾害，他又请求赈恤，减免马价，淮上之人深为崇敬他，逐渐地升至户部尚书。内阁缺人，有人认为不应当专门只用文学侍从，应该让地方官也参加补缺，意在让李三才回朝，等到都御史出现空缺，李三才按照次序被召进朝中。由此忌恨他的人日众，诽谤他的言论四起，工部郎中邵辅忠弹劾李三才表面上是忠臣，其实是个大奸贼；表面上正直，实质上狡猾，列举他贪污、虚伪、险恶、专横四大罪状，御史徐兆魁接着