倭乱已从沿海蔓延至闽、浙、粤等省腹地，朝廷上下抗倭呼声日高，朝廷不得不任命佥都御史王忬提督军务，巡视浙江及福州、兴化、漳州、泉州四府。都御史王忬巡视浙江海防时，谙知卢镗熟知兵法、智勇双全，是个难得的将才，王忬到任后，即向朝廷奏请赦免卢镗，并委以都指挥之职。卢镗与尹风、柯乔等，统率狼土诸兵，严督防御工事，分兵围剿，重创多股倭寇。

通倭头目汪直勾结诸路倭寇连船数百艘，大举骚扰浙江沿海各府县，卢镗奉命与俞大猷、汤克宽等，分别逐击倭寇于舟山、太仓、南汇、吴淞、江阴、嘉定、海盐、海宁、乍浦等处。卢镗布阵智斩倭寇首领萧显，然而，乍浦一战，千户高才私通敌人，引寇入城，卢镗折损都指挥佥事周应祯及崇明知县唐一岑。因兵力悬殊，战败失利，因此遭御史赵炳然弹劾被革职，朝廷责令卢镗在军中戴罪立功。

兵部尚书张经总督浙闽军务，擢升卢镗为参将，分守浙东海滨诸府、县。此时，王直逃到日本萨摩州松浦津，潜号曰京，自称徽王，封徐海、叶宗满等为将领，陈东、谢和等为谋士，建造巨舰，继续派部下和倭寇一起骚扰江、浙沿海。都御史王忬在长涂、沈家门一线设防，王直派萧显率部入浙，在普陀山附近洋面与官军发生激战后，弃舟登上普陀山。参将俞大猷统兵追击，萧显部据险固守茶山十余天后，大批倭寇抵达普陀山，上下夹击明军，官军黎俊民等先后战死。卢镗率部飞驰增援，萧显和倭寇从海上逃窜，卢镗率军包抄阻击，歼灭敌寇二百余名。

盘据柘林、普陀等地的倭寇不时攻掠乍浦、海宁、德清、杭州等地。官军议定分进合击的作战方略，歼倭于嘉兴与平望一带，卢镗受命率军协迫倭寇进入王江泾地域，防止他们向杭州方向窜犯；参将汤克宽领水师由乍浦向嘉兴行动，寻敌作战。卢镗进兵至石塘湾，设伏待敌，果然不出所料，倭寇四千余人自柘林出发，避开明军防线，分路袭扰李塔汇、张庄、小昆山等地，旋自茆湖北上，欲攻苏州。官军接战倭寇于陆泾坝，倭寇不敌，收兵南下，突袭嘉兴，进入卢镗的伏击地域。

卢镗督率狼兵、官兵发起攻击，按预定企图将倭寇向嘉兴以北压迫，并尾追不舍，汤克宽按计划向王江泾前进。张经派遣卢镗与俞大猷所督永顺援军分进合击，大败倭寇于王江泾，斩寇一千九百余人，焚溺死者不计其数。海盗林碧川出没台州外海，卢镗遣都指挥王沛在大陈山海滩大败林碧川，贼兵弃舟登山顽抗，官军尽毁其舟。卢镗督师会剿，于石墙墩痛击倭寇，斩首二百余，生擒林碧川等盗首，其余倭寇尽皆歼灭。不久，倭寇又纠集队伍掠夺浙东沿海诸县，进剿中兵败失利，卢镗再次被夺职戴罪。

兵部右侍郎兼总督江浙事务的胡宗宪，荐擢卢镗协守江浙副总兵，卢镗与定海知县宋继祖合力进剿盘踞谢浦之倭巢。卢镗募集义勇扩充兵力，在海上用火枪、火箭射烧倭船；在陆上利用大青岙、陈夹岙等隐蔽山岙伏兵，以放火为号，海陆同时发起进攻。卢镗又设法召来乡民千余人，在向倭寇进攻时呐喊助威。如此一来，倭寇摸不清有多少官兵，趁夜色从谢浦逃到吴家山，卢镗指挥张四维趁夜色，率麻阳兵突袭吴家山倭寇巢穴，倭寇仓皇突围，被斩杀数百人，余者逃往邵岙，卢镗等率兵会剿邵岙，尽歼之。

倭寇复犯慈溪县城，焚毁县治，卢镗与俞大猷追倭于翁山海上，擒斩三百余人。卢镗又与俞大猷在洋山、马迹一带海域设伏，切断倭寇归路，散倭数千人，分四股入海逃遁。卢镗与俞大猷及海道副使许望东、指挥邓城分股包围，先后歼灭，卢镗设伏烈港，生擒大隅岛主的弟弟、倭寇首领辛五郎等83人，追杀倭寇于海上，击沉倭船数十艘，擒斩倭寇六百五十余人，救出被掳男女七百余口，取得烈港平倭大捷。定海县知县何愈在沥港立“平倭港碑”记其事，并将沥港改名