谷设约定，如果高昌被攻，则西突厥就来援助。等到西突厥听闻侯君集到了，欲谷设害怕向西逃走千余里，麹智盛失去援助，无计可施，开城投降。侯君集于是分兵平定高昌各地，高昌国灭亡，侯君集俘虏麹智盛及其百官，刻石纪功班师回朝。

侯君集灭高昌后，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有。手下将士们知道后也开始盗取金银珠宝，侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢治将士们的罪。班师回朝后，司法官将侯君集下狱，但中书郎岑文本以为侯君集是功臣大将，不能轻加屈辱，于是上书李世民请求将侯君集释放。而侯君集自以为立下大功却因为贪财而被囚禁，感到非常不快。

张亮被派往洛阳都督，侯君集问张亮：“怎么会遭到排挤？”张亮说：“如果因为公务在外做官就是遭到排挤，那么谁才是最冤枉的？”侯君集又说：“我平定一个国家，回朝后惹得皇上大怒，怎么不是排挤？”侯君集说着还挽起袖子说道：“这样子活不下去，你能造反吗，要是可以，我和你一起造反。”张亮将侯君集的话告诉给了李世民，李世民对张亮说：“你和侯君集都是功臣。这些话侯君集只告诉给了你一个人，到时候他死不认账，你也拿他没办法。”于是李世民将这件暂且放下，对待侯君集还是和以前一样，而后李世民命阎立本画侯君集等二十四人的画像置于凌烟阁，侯君集位列第十七名。

太子李承乾担心自己被废，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿贺兰楚石又在东宫任职，于是多次派他引侯君集入东宫。侯君集觉得李承乾无能，担心重演李建成的悲剧，于是劝李承乾谋反，侯君集与李承乾谋划好之后，担心计划泄漏，心中不安，常常晚上睡不着，妻子非常奇怪，对侯君集说：“你是国家大臣，每天晚上这样，一定是有什么事，如果你做了什么对不起国家的事，应该自己到皇上面前去领罪，这样才能保全自己。”但侯君集没有听妻子的话。

而后李承乾谋反的事情败露，坐罪被废，贺兰楚石又将侯君集与李承乾一起谋划的事告诉李世民，李世民觉得侯君集有安定国家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣进谏说侯君集的罪天地难容。李世民非常难过，将侯君集处死，临死前，侯君集请求赦免自己的妻子和儿子，好为自己守丧，李世民同意后，将其妻儿流放岭南。

史事讲将2隋唐五代三月天